年俸制を導入するにあたって、通勤手当をはじめ各種手当の支給制度を廃止する会社もあります。

このような会社が、通勤費を負担した場合に、その年間分の給与総額からその負担した通勤費用を控除して年末調整をしてもいいのか判断がつきにくい部分です。

所得税において、通勤費で非課税所得とされるのは、「給与所得を有する者で通勤するものがその通勤に必要な交通機関の利用又は交通用具の使用のために支出する費用に充てるためのものとして通常の給与に加算して受ける通勤手当・・・・」と規定されています。

つまり、給与所得者が通常の給与にプラスして、さらに、通勤手当の支給を受ける場合に限り、通勤手当の非課税の適用を受けることができるということです。

したがって、会社が、交通機関等からの証明書などで明確に通勤費を支出していたとしても、その通勤費相当額は「通常の給与に加算して受ける通勤手当」には該当しないため、所得税の非課税とすることができません。

年俸制を導入する際には、通勤手当の支給について、十分に検討することが必要です。