常時50人以上の労働者を使用する事業者には、労働安全衛生法第13条及び同法施行令第5条により、産業医を選任する義務が課せられています。
その産業医に支払う報酬ですが、（1）産業医が医療法人の勤務医の場合と、（2）産業医が個人事業者である医師の場合とで、税務上の取扱いに違いがあります。

１．消費税

（1）医療法人の勤務医の場合
報酬は医療法人にとっての医業収入であるため、消費税の課税対象となります。

（2）個人事業者である医師の場合
報酬は原則として給与所得に該当し、その個人医師に対する給与扱いとなるため、消費税は課税対象外です。

２．源泉所得税

（1）医療法人の勤務医の場合
法人への支払いであるため、源泉徴収は行いません。

（2）個人事業者である医師の場合
給与として源泉徴収を行います。

３．外形標準課税

（1）医療法人の勤務医の場合
課税対象外となります。

（2）個人事業者である医師の場合
給与に該当するため、報酬給与額に含めます。

産業医に対して支払う報酬は福利厚生費などの科目で処理される場合が多く、特に消費税、源泉所得税の取扱いにミスが生じやすいので注意が必要です。